Prinsip Kesehatan
Pertanian organik juga harus melestarikan dan menignkatkan kesehatan tanah, tanaman, hewan , manusia dan bumi sebagai satu kesatuan dan tidak terpisahkan antara satu dengan yang lainnya.
Prinsip ini menunjukkan bahwa kesehatan setiap individu dan komunitas tidak dapat dipisahkan dari kesehatan ekosistem. Jika tanah sehat maka akan menghasilkan tanaman yang sehat pula sehingga dapat mendukung kesehatan hewan dan juga manusia. Sehat tidak sekedar bebas dari penyakit tetapi juga dengan memelihara kesejahteraan fisik, mental sosial dan ekologi. Tubuh dikatakan sehat dapat dilihat dari ketahanan tubuh, keceriaan, dan pembahruan diri merupakan hal yang mendasar untuk menuju sehat.
Pertanian Organik berperan dalam melestarikan dan menigkatkan kesejahteraan ekosistem dan organisme dari yang terkecil yang ada di dalam tanah hingga manusia, baik dalam produksi, pengolahan, distribusi, dan konsumsi. Mengingat hal itu maka dalam pertanian organik harus dihindari penggunaan pupuk, obat-obatan, bagi hewan dan zat adiktif makanan yang dapat berefek bagi kesehatan.
Prinsip Ekologi
Pertanina Organik harus didasarkan pada sistem dan siklus kehidupan, bekerja dengan cara meniru dan berusaha memelihara sistem dan siklus kehidupan.
Prinsip ekologi ini meletakkan pertanian organik dalam sistem ekologi kehidupan. Prinsip ini menyatakan bahwa produksi didasarkan pada proses daur ulang ekologis. Makanan dan kesejahteraan diperoleh melalui ekologi suatu lingkungan produksi yang khusus, sebagai contoh tanaman membutuhkan tanah yang subur, hewan membutuhkan ekosisitem peternakan, ikan dan organisme yang hidup di perairan membutuhkan lingkungan perairan.
Budidaya pertanian, peternakan dan pemanenan produk dalam sisitem pertanian organik haruslah sesuai dengan siklus dan keseimbangan ekologi yang berjalan di alam. Siklus-siklus ini bersifat universal tetapi pengoperasiannya bersifat spesifik-lokal. Pengololaan pertanian organik haruslah disesuaikan dengan kondisi ekologi alam. Bahan-bahan asupan sebaiknya dikurangi dengan cara dipakai kembali, di daur ulang dan dengan pengelolaan bahan-bahan dan energy secara efisien guna memelihara, meningkatkan kualitas dan melindungi sumber daya alam.
Pertanian organik dapat mencapai kesinambungan ekologis melalui pola sistem pertanian, membangun habitat, memproses, memasarkan dan mengkonsumsi produk-produk organik harus melindungi dan memberikan keuntungan bagi lingkungan secara umum, termasuk di dalamnya tanah, iklim, habitat, keragaman hayati, udara dan air.
Prinsip Keadilan
Pertanian organik haruslah membangun hubungan yang mampu menjamin keadilan terkait dengan lingkungan dan kesempatan hidup bersama.
Keadilan dicirikan dengan kesetaraan, saling menghormati, berkeadilan dan pengelolaan dunia secara bersama, baik antar manusia dan dalam bubungannya dengan makhluk hidup yang lain.
Prinsip ini menekankan bahwa mereka yang terlibat dalam pertanian organik harus membangun hubungan yang manusiawi untuk memastikan adanya keadilan bagi semua pihak di segala tingkatan seperti petani, pekerja, pemroses, penyalur dan konsumen.
Prinsip keadilan juga menekankan bahwa ternak harus dipelihara dalam kondisi dan habitat yang sesuai dengan sifat-sifat fisik, alamiah dan terjamin kesejahteraannya. Sumber daya alam dan lingkungan yang digunakan untuk produksi dan konsumsi harus dikelola dengan cara yang adil secara social dan ekologis, dan dipelihara untuk generasi mendatang. Keadilan memerlukan sisitem produksi, distribusidan perdagangan yang terbuka, adil dan mempertimbangkan biaya sosial dan lingkungan yang sebenarnya.
Prinsip Perlindungan
Pertanian organik harus dikelola secara hati-hati dan bertanggung jawab untuk melindungi kesehatan dan kesejahteraan generasi sekarang dan mendatang serta lingkungan hidup.
Pertanian organik merupakan suatu sisitem yang hidup dan dinamis yang menjawab tuntutan dan kondisiyang bersifat internal maupun eksternal. Para pelaku pertanian organik didorong untuk meningkatakan efisiensi dan produktivitas, tetapi tidak boleh membahayakan kesehatan dan kesejahteraan. Karena itulah teknologi baru dan metode-metode yang sudah ada perlu ditinjau kembali, maka harus ada penanganan atas pemahaman ekosisitem dan pertanian yang tidak utuh.
Prinsip ini menyatakan bahwa pencegahan dan tangggung jawab merupakan hal yang mendasar dalam pegelolaan, pengembangan dan pemilihan teknologi di pertanian organik, ilmu pengetahuan diperlukan untuk memjamin bahwa pertanian organik bersifat menyehatkan, aman dan ramah ingkungan. Tetapi pengetahuan ilmiah saja tidak cukup, untuk itu pengalaman praktis juga sangat diperlukan dalam pertanian organik ini. Pertanian organik harus mencagah resiko merugikan dengan menerapkan teknologi tepat guna dan menolak teknologi yang beresiko berbahaya, seperti rekayasa genetika. Segala keputusan harus mempertimbangkan nilai-nilai dan kebutuhan dari semua aspek yang mungkin dapat terkena dampaknya, melalui proses-proses yang transparan dan partisipatif.
